高中生结城理（石田彰饰）自幼父母双亡，在过去的十年里他一直寄宿在郊外的亲戚家。这一天他返回而是居住的地方，转学进入当地的学校——私立月光馆学园高中部。某天，结城意外遭到神秘怪物的袭击。传说一天和一天之间隐藏着鲜为人知的“影子时间”，而怪物就是栖息在影子时间内的Shadow。由于受到攻击，结城体内足以和Shadow对抗的能力Persona突然苏醒。在此之后，他被介绍加入了云集着许多拥有Persona能力持有者的特别课外活动部。这群怀着各种各样想法的年轻人坚持不懈追寻着影子时间的真相，而等待他们的却是令人难以想象的残酷命运！